El asentamiento humano en la zona está atestiguado desde el calcolítico, época de la que datan las
pinturas rupestres de los abrigos rocosos de sus alrededores.
Los
restos de época fenicia,
romana y árabe ponen de
manifiesto el conocimiento que de sus apreciados manantiales térmico-mineromedicinales tuvieron esos
pueblos, además de yacimientos
mineros encontrados en las
inmediaciones de la
población.
Fuencaliente fue paso obligado hacia el sur, lo que enriqueció considerablemente su
cultura y
costumbres. Las primeras
noticias escritas las tenemos del año 1158 cuando se fundó la Orden de Calatrava, y aunque no se cita Fuencaliente, en las descripción que se hizo en 1189 de los límites de la Orden, se cita el
Río Jándula, el
Valle Mayor (Valmayor), la
Cabeza del
Pinar (
Burcio del
Pino), el
castillo de Murgabal (
Torrecampo) y los
ríos Guadalmez y Guadamora. Fuencaliente quedó dentro de las tierras de la Orden de Calatrava, luego llamadas
Campo de Calatrava, desde la creación de la misma, hasta la división en provincias a principios del siglo XIX, llamándose provincia de La
Mancha.
La fundación de la población data del siglo XIII, estando ligada a la Reconquista, en el año 1369 tuvo lugar la Fundación de la
Villa y Priorato de Fuencaliente, cuando el Maestre
Pedro Muñiz de Godoy concedió licencia para poblar el
término a un fraile de Calatrava que
vivía en la
ermita, llamado Benito
Sánchez. Se llamaba entonces la ermita
Santa María de los
Baños o de la Fuencalda. El Maestre nombró Prior a Fray Benito Sánchez y le concedió licencia para repartir solares, todos los diezmos del término y la facultad para nombrar alcaldes y justicia en la villa, y otorgó a los futuros pobladores ciertas exenciones de impuestos. A
finales del siglo XIV Fuencaliente era un importante lugar de peregrinación, como se recoge en documentos de la
Catedral de
Córdoba.
