Amátriain pudo tener su origen, al final de la Romanización, en un simple
enclave defensivo o
finca agrícola con pechas de pertrechar a los soldados, perteneciente a un tal Emeterio. Barandiarán deriva Amátriain de "emeterianum", castrum o fundus de Emeterio.
Como todos los
pueblos de Valdorba tuvo su
palacio de cabo de armería, cuya ubicación está ocupado por una amplia
vivienda de traza actual y que solamente conserva algunos muros del
antiguo palacio.