Las primeras noticias datan del siglo XII. Se incorporó a Castilla en 1198. En 1269 Teobaldo II de
Navarra la incluyó en el fuero de Viana y concedió un
mercado semanal los martes. Enrique I de Navarra ordenó en 1271 a los vecinos de la aldea de
Río que se trasladasen a la
villa para formar un solo término. En 1273
Pedro Sánchez de Monteagut, señor de Cascante y a quien pertenecía la villa, la donaba al rey Enrique. En 1302 los peajeros de Tudela pretendían exigir derechos a los aguilareños y estos se quejaron a Alfonso Robray, gobernador de Navarra, quién mandó que no se les inquietasen por estar aforados.
En el siglo XIV se integró en el señorío de Cameros. Juan II en 1452 liberó a la villa a perpetuo de todo impuesto sobre el vino que vendiesen, por haberle sido fiel, incluso aunque esto conllevó robos, detenidos y fallecidos. En 1463 Enrique IV de Castilla sometió a su dominio a muchos
pueblos, entre ellos
Aguilar, en virtud de la sentencia compromisal de Luis XI de
Francia.
En el siglo XVI se creó el condado de Aguilar. En el lugar denominado
Santo de la Peña se descubrió en 1747 una
mina de alcohol, en la cual se realizó una pequeña extracción que se vendió a los alfareros de
Ágreda. 3 No hay constancia de que se siguiese explotando después.
