La villa fue la cabeza del
valle de
Santesteban de Lerín, antiguamente estuvo emplazada entre los términos de Bidaso y Berroarán, trasladándose a su actual emplazamiento en la orilla izquierda del
río Bidasoa en el año 1421.1? El rey navarro Sancho VI el Sabio en 1192 dio fuero al valle. En 1280 aparece Santesteban entre los contribuyentes del erario público.
La reina Leonor I de
Navarra liberó a la villa en 1467 del pago de la pecha (contribución) de 4 libras y 12 sueldos y en 1497, los reyes de Navarra Juan de Albret y Catalina de Foix otorgaron a la villa el fuero de Jaca liberándola del pago del tributo de eyurdea, para el uso del
agua y pastizales de los
montes de Bidasoa y Berroarán y la
pesca del río Bidasoa. A mediados del siglo xv obtuvo el estatus de buena villa con asiento en las Cortes de Navarra. En lo eclesiástico la villa perteneció al obispado de Bayona hasta 1567 pasando a partir de esta fecha a pertenecer al de Pamplona.
