Su nombre hace referencia a 2 pueblos de la repoblación medieval: "Mercadillo", alrededor de donde está la ermita actual, y que tuvo el privilegio de tener un mercado semanal - de ahí su nombre- y ser durante bastante tiempo un poblado de realengo; y "Santa María de Mercadillo", un monasterio o un eremitorio, que enseguida formó un pequeño barrio alrededor de lo que fue la antigua casa "del tio sacristán", una antigua ermita/iglesia medieval hasta que la sustituyó la actual. De los 2, el primero se despobló y solo queda su iglesia como ermita; y el segundo es el que quedó y pervive en el pueblo actual.
