En el siglo X la Orden de
San Agustín habría construido un
hospital, alrededor del cual se habría empezado a construir las primeras edificaciones, ya en el siglo XIII la comunidad premostratense de Urdax alcanzó cierto prestigio y prosperidad económica y logró encauzar una corriente de peregrinos significativa en su
camino hacia Santiago.
Por una sentencia de 1665 los canónigos tuvieron que reducir las cargas sobre los habitantes de Urdazubi/Urdax, que en adelante serían reconocidos como vecinos. Finalmente en 1774 la localidad adquirió el rango de Villa después que sus vecinos hubieran promovido un pleito contra el
monasterio en 1756. Posteriormente en una sentencia de la Cámar de Castilla de 1784 se desamortizó gran parte del término redondo del Monasterio de Urdax y se pusó fin o se limitaron sus privilegios señoriales, de esta manera los vecinos, en adelante, pudieron roturar y cerrar sus tierras y edificar y mejorar sus viviendas y tener acceso a los bienes comunales.
A finales del XVIII las tropas revolucionarias francesas saquearon e incendiaron el monasterio y gran parte de sus dependencias, los
molinos y la ferrería fueron destruidos y la
biblioteca fue incendiada. Como consecuencia de esta guerra la mayor parte de las
casas del núcleo de Urdazubi/Urdax fueron destruidas, por lo que la mayor parte de los
edificios de esa zona datan del siglo XIX.
Finalmente la decadencia progresiva del monasterio en la primera mitad del siglo XIX, provocó que ya a mediados del siglo sus bienes hubieran pasado a manos particulares. A partir de entonces la vida de la localidad dejó de estar ligada al monasterior y los vecinos se hicieron protagonistas de su
historia.