Dolencias físicas y muerte
Artículo principal: Funeral de Juan Pablo II
Juan Pablo II fue el primer pontífice que salió de la Ciudad del Vaticano para ser hospitalizado. Desde el atentado del 13 de mayo de 1981, fue internado en el Policlínico Agostino Gemelli en varias oportunidades: el 20 de junio del mismo año, por una infección derivada de la herida sufrida; el 15 de julio de 1992, en que se le practicó una colecistectomía, con extirpación adicional de treinta centímetros de intestino por presencia de un adenoma tubulovelloso benigno; el 11 de noviembre de 1993, por una luxación del hombro; el 28 de noviembre de 1995 por una fractura femoral; el 8 de septiembre de 1996 para una operación de apendicitis. El avance de la enfermedad de Parkinson lo debilitó hasta la indefensión, limitando su capacidad de habla. Su sucesor Joseph Ratzinger, señaló que en los últimos años del pontificado de Juan Pablo II, el sufrimiento que padeció fue casi una forma de gobierno:
Sí, se puede gobernar también con el sufrimiento. Sin duda, es algo extraordinario. Pero después de un largo pontificado y después de tanta vida activa del Papa, era significativo y elocuente un tiempo de sufrimiento, que devino casi en una forma de gobierno.
Benedicto XVI
El deterioro físico de Juan Pablo II se incrementó hasta su fallecimiento en 2005. En aquel año tuvo que ser hospitalizado por un síndrome de dificultad respiratoria. Se le realizó una traqueotomía a mediados de marzo. Hacia finales del mismo mes su estado se agravó y entre el 31 de marzo y el 1 de abril sufrió una septicemia por complicación de una infección de vías urinarias.
Falleció el 2 de abril de 2005 a las 21:37 (la noche previa al Domingo de la Divina Misericordia). Pocos minutos después, monseñor Leonardo Sandri anunció la noticia a las personas congregadas en la Plaza de San Pedro y al mundo entero. Los días después de su muerte, algunos periódicos publicaron que su última palabra fue "Amén", sin embargo la Santa Sede desmintió esta versión y afirmó que las últimas palabras fueron en polaco: "Pozwólcie mi iść do domu Ojca" (Déjenme ir a la casa de mi Padre). La muerte fue comprobada por el cardenal camarlengo Eduardo Martínez Somalo. El Camarlengo comunicó la muerte al cardenal Camillo Ruini, como «Vicario para la Urbe» y el Cardenal-Decano del Colegio cardenalicio, Joseph Ratzinger, informó oficialmente a todos los Cardenales convocándolos al Cónclave, al declararse la Sede Vacante.
Al ser anunciada su muerte, en medio del rezo del Rosario, el público presente en la Plaza de San Pedro prorrumpió en nutridos aplausos. Las luces de su habitación en el Palacio Apostólico se apagaron por un instante para comunicar de esta manera el momento de su fallecimiento, pero luego fueron encendidas nuevamente y así permanecieron.
Su muerte se produjo debido a una septicemia y a un colapso cardiopulmonar irreversible, agravado por su enfermedad de Parkinson. Tenía 84 años y 11 meses. En su agonía, le dictó a su secretario, Stanisław Dziwisz, una carta en la que decía:
"Soy feliz, séanlo también ustedes. No quiero lágrimas. Recemos juntos con satisfacción. En la Virgen confío todo felizmente". El portavoz del papa, Joaquín Navarro Valls afirmó inicialmente que el pontífice, en sus últimos momentos, dedicó unas palabras a la multitud, sobre todo gente joven, reunida en la Plaza de San Pedro (Yo los he buscado y ahora ellos vienen a buscarme, les doy las gracias), haciendo el gesto de la bendición hacia la ventana de sus aposentos, hacia los fieles apostados en la Plaza de San Pedro. Sin embargo, el médico que certificó la muerte ha señalado que el papa permaneció inconsciente durante los últimos cincuenta minutos de su vida y que, por lo tanto, tales frases tuvo que decirlas al menos una hora antes de su fallecimiento.
Los funerales pusieron de manifiesto el alto grado de aprecio hacia Juan Pablo II, no solo de parte de mandatarios de muchos países, sino también de gente de toda condición social. Tuvieron una alta resonancia política por algunos gestos inesperados, como el saludo entre los mandatarios de Israel, Irán y Siria.
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