Su tercer viaje lo hizo del año 53 al 56. En este viaje lo más notable fue que en la ciudad de Efeso en la cual estuvo por bastantes meses, Pablo logró que muchas personas empezaran a darse cuenta de que la diosa Diana que ellos adoraban era un simple ídolo, y dejaron de rendirle culto. Entonces los fabricantes de estatuillas de Diana al ver que se arruinaba el negocio, promovieron un gran tumulto en contra del Apóstol. De Éfeso partió Pablo hacia Jerusalén a llevar a los cristianos pobres de esa ciudad el producto de una colecta que había promovido entre las ciudades que había evangelizado. Por todas partes se iba despidiendo, anunciando a sus discípulos que el Espíritu Santo le comunicaba que en Jerusalén le iban a suceder hechos graves, y que por eso probablemente no lo volverían a ver. Esto causaba profunda emoción y lágrimas en sus seguidores que tanto lo estimaban. En su quinto viaje a Jerusalén, los judíos promovieron contra él un espantoso tumulto y estuvieron a punto de lincharlo. A duras penas lograron los soldados del ejército romano sacarlo con vida de entre la multitud enfurecida. Entonces cuarenta judíos juraron que no comerían ni beberían mientras no lograran matar a Pablo. Al saber la hermana de él esta grave noticia, mandó un sobrino a que se la contara. Entonces Pablo avisó al comandante del ejército, y de noche, en medio de un batallón de caballería y otro de infantería, lo sacaron de Jerusalén y lo llevaron a Cesarea. Allá estuvo preso por dos años, pero permitían que sus discípulos fueran a visitarlo.
Al darse cuenta Pablo de que los judíos pedían que lo llevaran a Jerusalén para juzgarlo (para poder matarlo por el camino), pidió ser juzgado en Roma, y el gobernante aceptó su petición. Y en un barco comercial fue enviado, custodiado por 40 soldados. Y sucedió que en la travesía estalló una espantosa tormenta y el barco se hundió. Pero Jesucristo le anunció a Pablo que por el amor que le tenía a su muy estimado Apóstol no permitiría que ninguno de los viajeros del barco se ahogase. Y así sucedió. Lograron llegar a la Isla de Creta y allí salvaron sus vidas del naufragio.
Al fin llegaron a Roma, donde esperaban a Pablo con gran entusiasmo los cristianos. En esa ciudad capital estuvo por dos años preso (casa por cárcel) con un centinela en la puerta. Y los cristianos y los judíos iban frecuentemente a charlar con él, y aprovechaba toda ocasión que se le presentara para hablar de Cristo y conseguirle más y más seguidores.
Cuando estalló la persecución de Nerón, éste mandó matar al gran Apóstol, cortándole la cabeza. Dicen que sucedió el martirio en el sitio llamado las Tres Fuentes (Tre Fontana) (y una antigua tradición cuenta que al caer la cabeza de Pablo por el suelo, dió tres golpes y que en cada sitio donde la cabeza golpeó el suelo, brotó una fuente de agua). Las 13 cartas de San Pablo enseñan verdades valiosísimas acerca de nuestra fe. Allí se ve que era un "enamorado de Cristo y de su Santa Religión". En su segunda Carta a los Corintios, San Pablo narra lo que le sucedió en su apostolado: "Cinco veces recibí de los judíos 39 azotes cada vez. Tres veces fue apaleado con varas. Tres veces padecí naufragios. Un día y una noche los pasé entre la vida y la muerte en medio de las olas del mar. Muchas veces me vi en peligros de ríos, peligros de ladrones, peligros de los judíos, peligros de los paganos, peligros en la ciudad, peligros en el campo, peligros en el mar, peligros por parte de falsos hermanos; noches sin dormir; días y días sin comer; sed espantosa y un frío terrible; falta de vestidos con los cuales abrigarse, y además de eso, mi preocupación por todas las Iglesias o reuniones de creyentes. Quien se desanima, que no me haga desanimar. ¿Quién sufre malos ejemplos que a mí no me haga sufrir con eso?".
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