La principal obra de Carlos II el Malo en Ujué fue la nave gótica, los pasos de ronda y las torres almenadas que flanquean el templo. El conjunto fue construido en varias etapas. Se conservan algunos elementos románicos importantes, como la cabecera (del siglo XI) y algunas torres. También hay evidencias de un pequeño templo anterior (prerrománico). Suele destacarse latalla románica de la virgen de Nuestra Señora de Ujué, chapeada en plata en tiempos de Carlos II -junto a la cual se encuentra el célebre relicario con el corazón del rey- y la portada sur, de estilo gótico, con unas diez arquivoltas bellamente decoradas. uno de los grandes proyectos de Carlos II fue la construcción de una universidad, aunque por falta de presupuesto no llegó a terminarse.
