Sufrió diversas reformas, la más importante de ellas la realizada después del incendio de 1484. Durante la Guerra Civil Española, sufrió un asalto en el que fue mutilada una imagen de la Inmaculada del siglo xviii y se destruyeron su
órgano y su
pila renacentista, realizándose a continuación una gran
hoguera en la
plaza adyacente con algunos de sus
altares. Desde el año 1936 al 1939 fue utilizada como almacén
militar. En el año 2007, tras solicitud realizada por el
Ayuntamiento de
Alicante a la
Santa Sede, el templo fue ascendido a la categoría de basílica. El 25 de marzo del mismo año fue proclamada como basílica de Alicante por el entonces obispo de la diócesis de Orihuela-Alicante, Rafael Palmero Ramos.