Se construyó por orden de Juan de Quiñones y Guzmán, obispo de Calahorra. Los trabajos fueron encargados al maestro constructor Rodrigo Gil de Hontañón, que lo construyó sobre un antiguo
palacio gótico mudéjar perteneciente a la
familia, situado junto a la antigua
muralla de la ciudad,
edificio que se demolió para dar cabida a la nueva construcción.
Los trabajos para levantar este edificio renacentista con toques platerescos se iniciaron en 1560 y se paralizaron en 1572, dejándolo inacabado. El
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