La cripta consta de un total de tres capillas, la izquierda es de menor importancia, y exhibe una buena pintura. En la central es donde reside la imagen de la Soterraña, enmarcada en un retablo barroco. Y la derecha contiene la peña del martirio de los santos Vicente, Sabina y Cristeta, así mismo es el lugar donde, según la tradición, apareció milagrosamente una serpiente que protegió sus cuerpos de una profanación, y donde se edificó la primera iglesia, después sustituida por la actual.
Para bajar a la cripta, desde la escalera que se encuentra en la nave del evangelio de la iglesia, cercana al crucero, era preciso leer un pergamino que decía:
«Si a la Soterraña vas,
Ve, que la Virgen te espera;
que, por esta escalera,
quien más vaja sube más.
Pon del silencio el compás
a lo que vayas pensando.
Vaja y subirás volando
al cielo de tu consuelo;
que para subir al cielo
siempre se sube vajando.»
Para bajar a la cripta, desde la escalera que se encuentra en la nave del evangelio de la iglesia, cercana al crucero, era preciso leer un pergamino que decía:
«Si a la Soterraña vas,
Ve, que la Virgen te espera;
que, por esta escalera,
quien más vaja sube más.
Pon del silencio el compás
a lo que vayas pensando.
Vaja y subirás volando
al cielo de tu consuelo;
que para subir al cielo
siempre se sube vajando.»