La cripta consta de un total de tres capillas, la izquierda es de menor importancia, y exhibe una buena pintura. En la central es donde reside la imagen de la Soterraña, enmarcada en un retablo barroco. Y la derecha contiene la peña del martirio de los santos Vicente, Sabina y Cristeta, así mismo es el lugar donde, según la tradición, apareció milagrosamente una serpiente que protegió sus cuerpos de una profanación, y donde se edificó la primera iglesia, después sustituida por la actual.
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