Su disputada elección como obispo de Cartago
Poco después de su bautismo fue ordenado diácono, y más tarde presbítero. En algún momento entre julio de 248 y abril de 249 fue elegido obispo de Cartago por aclamación popular, tras la muerte del antiguo obispo de Cartago, Donato. Una elección popular entre los pobres, que recordaban su caridad, aunque una parte de los presbíteros se opuso a causa de la riqueza de Cipriano, su diplomacia y su talento literario. Cinco presbíteros se opusieron a esta elección, entre ellos Felicísimo, que más tarde llevaría a cabo una disputa con el propio San Cipriano, dando lugar al Cisma de Novato y Felicísimo.
Los cristianos del norte de África no habían sufrido la persecución durante muchos años. En 250 el emperador Decio decretó la supresión de la cristiandad, con lo que dio comienzo la persecución deciana. El procónsul, enviado por el emperador, y cinco comisionados de cada ciudad administraban el edicto, pero cuando el procónsul llegó a Cartago Cipriano había huido a un lugar desconocido, aunque fue acompañado por varios discípulos. Desde allí elaboró gran parte de su obra epistolar, y el exilio no le impidió seguir administrando su Iglesia, aunque sí que acrecentó las rivalidades latentes en su elección episcopal.
En los documentos que se conservan de los Padres de la Iglesia de varias diócesis se pone de manifiesto que la comunidad cristiana se dividió en esta ocasión entre los que practicaron la desobediencia civil a cualquier precio y los que se sometieron de palabra o acto al edicto. La huida de Cipriano de Cartago fue interpretada por sus enemigos como cobardía e infidelidad, y le acusaron ante Roma, desde donde le escribieron a Cipriano en términos de desaprobación. Cipriano contestó que había huido de acuerdo al mandato divino. Desde su refugio dirigió a sus fieles con seriedad y entusiasmo, empleando a un diácono de confianza como intermediario.
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