Descendencia
● Carlos de Borja y Castro (1530-1592), V duque de Gandía16. Casado con Magdalena de Centelles y Folch de Cardona (m. 1596), V Condesa de Oliva.
● Isabel de Borja y Castro (1532-1566), casada con Francisco Gómez de Sandoval y Zúñiga, IV marqués de Denia16; de esta unión nació el I Duque de Lerma (valido del rey Felipe III), quien a su vez fue el abuelo materno de doña Luisa de Guzmán, reina de Portugal y ancestro de toda la dinastía portuguesa de Braganza.
● Juan de Borja y Castro (1533-1606), I conde de Ficalho y I conde de Mayalde.
● Álvaro de Borja y Castro (1535-1580), contrajo matrimonio con su sobrina Elvira Enríquez de Almansa y Borja, V marquesa de Alcañices.
● Juana de Borja y Castro (1535-1575), casada con Juan Enríquez de Almansa y Rojas, IV marqués de Alcañices.
● Fernando de Borja y Castro (1537-1587), comendador de Castellanos de la Orden de Calatrava.
● Dorotea de Borja y Castro (1538-1552), monja en el Convento de Santa Clara de Gandía.
● Alfonso de Borja y Castro (1539-1593), casado en 1567 con Leonor de Noronha.
● Carlos de Borja y Castro (1530-1592), V duque de Gandía16. Casado con Magdalena de Centelles y Folch de Cardona (m. 1596), V Condesa de Oliva.
● Isabel de Borja y Castro (1532-1566), casada con Francisco Gómez de Sandoval y Zúñiga, IV marqués de Denia16; de esta unión nació el I Duque de Lerma (valido del rey Felipe III), quien a su vez fue el abuelo materno de doña Luisa de Guzmán, reina de Portugal y ancestro de toda la dinastía portuguesa de Braganza.
● Juan de Borja y Castro (1533-1606), I conde de Ficalho y I conde de Mayalde.
● Álvaro de Borja y Castro (1535-1580), contrajo matrimonio con su sobrina Elvira Enríquez de Almansa y Borja, V marquesa de Alcañices.
● Juana de Borja y Castro (1535-1575), casada con Juan Enríquez de Almansa y Rojas, IV marqués de Alcañices.
● Fernando de Borja y Castro (1537-1587), comendador de Castellanos de la Orden de Calatrava.
● Dorotea de Borja y Castro (1538-1552), monja en el Convento de Santa Clara de Gandía.
● Alfonso de Borja y Castro (1539-1593), casado en 1567 con Leonor de Noronha.
