Después es trasladado a Ou-Tchang-Fou, ante el virrey, donde debe responder en una veintena de interrogatorios. El virrey quiere obligarlo en vano a caminar sobre un crucifijo. Lo golpean con correas de cuero y con palos de bambú hasta el agotamiento, o bien lo levantan a gran altura con la ayuda de poleas y lo dejan desplomarse hasta el suelo. Pero el alma del piadoso padre permanece unida a Dios. « ¿Así que sigues siendo cristiano? - ¡Oh, sí ¡¡Y me siento feliz por ello!». Finalmente, el virrey lo condena al estrangulamiento; pero como quiera que la sentencia no puede ejecutarse hasta que sea ratificada por el emperador, Juan Gabriel Perboyre sigue en prisión durante algunos meses.