En 1109, tras un mandato de pocas semanas, es nombrado nuevo abad Pons de Melgueil, un meridional hábil pero muy intransigente. Intervino activamente al final de la Querella de las Investiduras, y prosiguió con la idea de engrandecer la Orden. A tal fin, inicia la construcción de Cluny III, una abadía gigantesca que se acabaría con todas las donaciones y compromisos adquiridos provenientes del Reino de León y Castilla. Empiezan las primeras dificultades económicas de la Orden que generan una protesta contra el abad. Las críticas se hacen patentes mediante la inclinación hacia otra orden monástica llamada cisterciense, fundada en 1098. Pons solicita una entrevista con el Papa Calixto II, y presenta su dimisión a la salida de la misma sin que se conozcan las razones.
