Durante la historia del programa se ha realizado revelaciones controvertidas sobre el Doctor: en el serial The Brain of Morbius (1976) se sugiere ambiguamente que el Primer Doctor puede no haber sido la primera encarnación del Doctor (aunque esta posibilidad se desmintió en sucesivas ocasiones a partir de The Five Doctors en adelante); durante la época del Séptimo Doctor se insinuó que el Doctor era más que un Señor del Tiempo ordinario (asunto que no llegó a concretarse tras la cancelación de la serie) y en la película de 1996 se reveló que el Doctor era medio humano por su parte materna (algo que no se volvió a mencionar en la serie moderna). En el primer episodio, An Unearthly Child, se muestra que el Doctor tiene una nieta, y en Temedla (2006) y La hija del Doctor (2008) el Doctor menciona que una vez fue padre. La serie de 2005 reveló que el Noveno Doctor era el único Señor del Tiempo superviviente conocido y su planeta natal había sido destruido en la "Guerra del Tiempo" que se dio entre los Daleks y los Señores del tiempo.