Primeramente fue inhumada en el monasterio de San Francisco de la Alhambra, el 18 de diciembre de 1504, en una sencilla sepultura, según su deseo. Poco después, sus restos mortales, junto con los de su esposo Fernando el Católico, fueron trasladados a la Capilla Real de Granada. Su hija Juana I y el marido de ésta, Felipe el Hermoso, también reposan allí. Asimismo se enterró en este lugar a su nieto Miguel, hijo del rey Manuel I de Portugal, quien falleció poco antes de cumplir los 2 años de edad, y a la madre de éste, la Infanta Isabel, primogénita de los Reyes Católicos.
En el museo de la Capilla Real se encuentran la corona y el cetro de la reina, quien además dotó a la Capilla de un importante grupo de cuadros (aún in situ), de Botticelli, Dirk Bouts, Rogier van der Weyden y Hans Memling, entre otros, y muchas de sus pertenencias personales.
En el museo de la Capilla Real se encuentran la corona y el cetro de la reina, quien además dotó a la Capilla de un importante grupo de cuadros (aún in situ), de Botticelli, Dirk Bouts, Rogier van der Weyden y Hans Memling, entre otros, y muchas de sus pertenencias personales.
