Se cree que cuando los Reyes Católicos se apoderaron de
Málaga y de su jurisdicción, no existía Colmenar como tal pueblo, sino una heredad como tantas otras, compuesta de distintos cortijos, en uno de los cuales existía asiento de
colmenas, todo ello perteneciente a Hamet El Suque, moro vecino de la villa de Comares y alcaide de la misma y de su
castillo, pues así lo hace constar Vázquez Otero en su obra Pueblos Malagueños. Durante el asedio a Málaga se vendieron estas heredades, confirmadas por los reyes en una cédula de 6 de junio de 1488, pasando a depender de la jurisdicción de Málaga. Estaban habitadas por musulmanes que siguieron viviendo en la zona como mudéjares. En tiempo de Felipe II y para paliar el mal estado de las rentas del estado, se optó porque se vendieran hasta mil hidalguías a personas de toda clase sin excepción ni defecto de linaje ni otras máculas, la venta de jurisdicciones perpetuas, de los terrenos baldíos de los pueblos, dejando a estos los puramente necesarios. Por real cédula se consentía la venta de la jurisdicción de la naciente villa del Colmenar, que se componía de los cortijos Napolin Alto y Bajo, Barrancos, Peñones, Jaral, Ramos y Colmenar, inscritos en la jurisdicción de Málaga. Fueron comprados por el vecino señor Gómez de Cohalla. En 1560 se procedió al deslinde y amojonamiento del término y en 1566 comienzan las inscripciones de las partidas de bautismo, matrimonios y defunciones.
Colmenar en 1777 consigue su independencia y a principios del siglo XIX ya era cabeza del partido judicial de una buena parte de pueblos de la Axarquía (Alfarnate, Alfarnatejo, Almáchar, El Borge, Periana y Riogordo) e incluso del pueblo de Casabermeja, en los
Montes de Málaga.
Su nombre hace referencia a las colmenas de abejas que fueron la base de la
economía local durante mucho tiempo.