Era el primer viaje que hacía a la Ciudad Eterna. El papa San Gregorio II le recibió con muestras de extraordinaria satisfacción, cambióle su nombre de Winfrido por el de Bonifacio; instruyóle ampliamente sobre el modo de introducir en los pueblos germanos la doctrina cristiana, la liturgia y administración romana, y en la primavera de 719 le dio una comisión especial para los pueblos del centro de Europa.
Atravesando, pues, Bonifacio la Baviera y el centro de Alemania dirigióse a Frisia, donde providencialmente había muerto su rey Radbod, y su sucesor, unido con los francos, se mostraba favorable a la predicación del Evangelio. Allí, pues, al lado del veterano apóstol San Willibrordo, pasó el novel misionero Bonifacio tres años. Este aprendizaje fue de grandísima utilidad para él. Sin embargo, resistiendo a las instancias de San Willibrordo, quien, ya anciano, deseaba nombrarle sucesor suyo, y siguiendo las instrucciones del Papa, se dirigió a Hesse, donde inició su primera gran campaña de predicación. En este tiempo se le juntó uno de sus más fieles colaboradores, llamado Gregorio. Para dar más firmeza y regularidad al trabajo misionero estableció pronto su primer monasterio en Amöneburg. El resultado de sus primeros trabajos fueron millares de conversiones y el establecimiento de numerosas cristiandades.
Ante las primeras noticias de los éxitos obtenidos el Papa le llamó a Roma, donde, bien informado de su espíritu y de sus métodos de predicación, así como también de los nuevos campos que se abrían al Evangelio, le consagró obispo el 30 de noviembre, fiesta de San Andrés, del año 722. A esta dignidad, que tanto ascendiente debía dar a Bonifacio, añadió el Papa una carta especial para Carlos Martel, con el objeto de que obtuviera de éste su apoyo oficial para tan importante empresa, y asimismo gran cantidad de reliquias, el Código oficial canónico y otras cosas que contribuían a dar mayor autoridad al misionero
Armado, pues, Bonifacio de su nueva autoridad episcopal y de todas estas nuevas armas, dirigióse a Carlos Martel, quien, a la vista de la carta pontificia, puso al servicio del misionero todo el apoyo de su poder. En esta forma entró de nuevo Bonifacio en Alemania y se dispuso a continuar la obra comenzada en Hesse. Para ello realizó entonces una de las más sublimes hazañas de su vida misionera, con el objeto de deshacer la superstición pagana, que constituía el principal obstáculo del Evangelio. Efectivamente, en un día señalado con anticipación, para hacer presencia de gran multitud de paganos, dio con sus propias manos algunos golpes de hacha y luego hizo derribar la encina sagrada de Geismar, a la que los gentiles profesaban gran veneración. Al ver, pues, los paganos que sus dioses no hacían nada para vengar aquel ultraje, reconocieron su impotencia, y a partir de este hecho se mostraron mejor dispuestos para recibir el Evangelio. Con la madera de aquella encina hizo Bonifacio construir una iglesia dedicada a San Pedro, y a corta distancia de ella levantó el monasterio de Fritzlar, que fue en adelante uno de los puntos de apoyo de su obra misionera.
Puesta ya en marcha la misión de Hesse, el año 725 pasó a Turingia, donde ya anteriormente había sido introducido, pero no había arraigado el cristianismo, y allí continuó desarrollando su actividad apostólica. En todas partes encontraba al pueblo dispuesto a escuchar la palabra de Dios. Lo único que faltaban eran misioneros. Por esto insistió constantemente a los monasterios ingleses en demanda de nuevas fuerzas, y, en efecto, fueron llegando muchos monjes misioneros durante los años siguientes. Bien pronto fundó en Turingia, cerca de Gotha, el monasterio de Ordruf, que fue su base de operaciones en aquel territorio. Entre los nuevos misioneros son dignos de mención San Lull, que fue el sucesor de San Bonifacio en la sede de Maguncia, y San Esteban, su futuro compañero de martirio. Llegaron asimismo religiosas, que iniciaron la rama femenina del monacato en Turingia y Hesse. Entre ellas se distinguieron Santa Tecla, Santa Walburga y sobre todo la prima del mismo San Bonifacio, Santa Lioba.
Cerca de diez años hacía que trabajaba en estas regiones de Hesse y Turingia, alentado siempre por San Gregorio II, cuando este gran Papa murió en 731. Su sucesor, San Gregorio III (731-741), conociendo perfectamente el celo y la santidad de San Bonifacio, le envió en 732 el palio arzobispal, constituyéndole metropolitano de toda la Alemania al otro lado del Rhin, a lo que añadía una amplia facultad para fundar nuevos obispados en todos aquellos territorios.
Algunos años más tarde, en 737, hizo su tercer viaje a Roma, con el objeto de tratar detenidamente con el Romano Pontífice sobre la organización definitiva de las iglesias germanas. Entonces recibió de Gregorio III el nombramiento de legado apostólico con poder general sobre todos aquellos territorios, y en Montecassino obtuvo uno de sus mejores auxiliares, al monje San Willibald, y otros misioneros. Con estos nuevos poderes y nuevos auxiliares dirigióse, ante todo, a Baviera, cuyas cristiandades reorganizó e introdujo una plena jerarquía con los obispados de Salzburgo, Ratisbona, Freising, Passau y otros.
Una vez organizada la iglesia de Baviera, volvió a su campo de operaciones de Hesse y Turingia, donde creó los obispados de Erfurt para Turingia, Buraburg para Hesse y Wurzburgo para Franconia; algo más tarde organizó el obispado de Eichstätt. El año 741, mientras realizaba esta obra fundamental de estabilización de aquellas iglesias, fundó la abadía de Fulda, tan célebre en lo sucesivo, y donde debían luego descansar sus restos mortales.
Este mismo año 741 entró San Bonifacio en un nuevo campo de su actividad, al que tal vez han prestado menos atención los historiadores, y que da una idea completa de la magnitud de la obra apostólica de San Bonifacio. En efecto, su encendido amor de Dios y su celo por las almas no se contentó con la evangelización y organización de las iglesias germanas, sino que realizó también una completa regeneración y reorganización de la Iglesia en Francia. Esta se encontraba, en efecto, en un estado de general decadencia. Muerto el año 741 Carlos Martel, su hijo Carlomán heredó los territorios orientales de Austrasia y Pipino los occidentales de Neustria. Entonces, pues, el piadoso Carlomán, que conocía perfectamente el celo apostólico de San Bonifacio, le invitó para que acudiera a sus dominios con el fin de reformar la disciplina eclesiástica. Aceptó Bonifacio la invitación y comenzó al punto su tarea. Esta se dirigió principalmente a los elementos eclesiásticos, los clérigos, obispos y monasterios. Mas, para dar más eficacia a su acción reformadora, apoyada siempre por Carlomán y más tarde por Pipino, celebró una serie de concilios, célebres en la historia de la Iglesia de Francia.
El primero tuvo lugar en Austrasia en 742. Es el primer concilio germánico. Del resultado que con él obtuvo San Bonifacio puede juzgarse por las disposiciones reformadoras que se tomaron. Se atacó a la raíz del mal, ordenando la devolución de los bienes eclesiásticos. Se urgió el derecho de los obispos y se dieron severas disposiciones contra los vicios de simonía e incontinencia del clero. Todas estas disposiciones fueron luego proclamadas como leyes del Estado. En 743 celebráronse otros dos sínodos en Austrasia. El año siguiente solicitó también Pipino la intervención de San Bonifacio en los territorios de Neustria, donde se celebraron dos sínodos y se introdujeron todas las normas reformadoras de Austrasia. El año 745 se pudo celebrar ya un concilio general para ambos territorios. El resultado fue a todas luces visible. A los cinco años de labor de San Bonifacio la Iglesia franca quedaba completamente regenerada.
