La primera mención de su nombre aparece en 1381, con motivo de las donaciones de Enrique de Trastámara en favor del caballero navarro Juan Ramírez de Arellano por el apoyo en la lucha contra Pedro I de Castilla. Es en este contexto en el cual se la nombra en el Diccionario geográfico-histórico de
La Rioja escrito por Ángel Casimiro de Govantes en el año 1846, donde
Navajún aparece mencionado como una aldea perteneciente a
Aguilar del río Alhama, que fue cedida junto con esta localidad a Ramírez de Arellano, señor de Cameros, en el año 1381, por el rey Juan II como recompensa por sus aportaciones. Cuenta con una población de 8 habitantes (INE 2024).
