El proyecto de la nueva parroquia de la Almudena se veía, si, urgido por el derribo de la parroquia de Santa María, pero todavía mucho más, si cabe, por el deseo de erigir en este templo un enterramiento digno y próximo a palacio de la joven reina doña Mana de las Mercedes de Orleans y Borbón, muerta en 1878, a los pocos meses de su casamiento con Alfonso XII. El hecho de haber fallecido sin dejar descendencia impedía que su enterramiento se efectuase en el Panteón Real del monasterio de El Escorial, por lo que se pensó en la nueva parroquia, cuya organización en planta ya contempla un espacio de honor para custodiar los restos mortales de la joven reina. El proyecto definitivo se sancionó por Real Orden en 1880. Conforme a este proyecto comenzaron las obras en 1883 y ya no hubo más cambios, pues, en proceso de construcción, el templo, que ya se había concebido con pujos catedralicios, sirvió para apoyar la petición de la nueva sede episcopal que se alcanzó, finalmente, en 1885.
