Bajo el presbiterio, cuya mesa de
altar fue empleada por Sixto V para canonizar a
San Diego de Alcalá, se encuentra la cripta de los
Santos Niños. A ella se accede a través de dos
portadas del siglo XVII decoradas con bajorrelieves alusivos a su martirio. Una gran
bóveda rebajada la ropa las reliquias, que se encuentran alojadas en una arqueta de plata realizada en 1702 por el orfebre Damián Zurero. Frente a la arqueta se encuentra la losa sobre la que recibieron el martirio, sostenida por dos pequeños
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