"la ciudadela", por estar encerrada en el primer perímetro amurallado de origen árabe, que a modo de ciudadela, quedaba encerrado en la muralla cristiana posterior. Es decir, se le pondría este nombre para distinguirla de las demás iglesias madrileñas, con la connotación de ser, por así decirlo, Santa María del recinto amurallado de la ciudad.