El
Retablo Mayor Barroco: Diseñado por el maestro Santiago Carnicero hacia 1684. Es una imponente estructura de madera dorada repleta de
columnas salomónicas y ornamentación exuberante. En la
hornacina central se encuentra la imagen de la
Virgen, flanqueada por
San Juan Evangelista y San Juan Bautista, mientras que el remate superior (ático) está presidido por una figura de gran tamaño de San Francisco. La Cabecera y el Cimborrio: Aunque la
iglesia comenzó siendo un templo puramente
románico del siglo XII, el
ábside central original fue demolido en 1685 bajo el mecenazgo del obispo fray Juan del
Molino Navarrete. En su lugar, el arquitecto Felipe Berrojo edificó esta cabecera barroca coronada por una
cúpula o cimborrio profusamente decorado con relieves que se aprecia en la parte superior. El
Altar y Elementos Litúrgicos: En primer plano destaca la mesa de altar revestida con un mantel blanco y decorada con
flores frescas. A la izquierda se sitúa una
cruz procesional de madera con un paño blanco, un símbolo utilizado habitualmente durante el tiempo de Pascua o celebraciones solemnes.