Retablo Mayor: La gran estructura dorada del fondo es un retablo barroco tallado entre 1682 y 1684 por el maestro Santiago Carnicero. Resalta su profusa decoración con
pan de oro y
columnas salomónicas.
Escultura superior: En el remate más alto del retablo se distingue la figura de
San Francisco de Asís. Mesa del
altar: En primer plano se observa el altar revestido con un mantel blanco. La mesa se apoya sobre columnas románicas originales reutilizadas, cuyos
capiteles muestran la clásica labra en
piedra de los siglos XII o XIII.
Bóveda e iluminación: Aunque la
iglesia comenzó su construcción en el siglo XII con estilo
románico, el presbiterio y la
capilla mayor se reconstruyeron en 1685 bajo el mandato del obispo fray Juan del
Molino Navarrete para servir como su capilla funeraria. Las yeserías ornamentales de la
cúpula y los
ventanales laterales reflejan esta importante reforma barroca.
Hornacina lateral: A la derecha del retablo, incrustada en el muro de piedra, se aprecia una hornacina o
arco de medio punto decorado que alberga
esculturas religiosas de carácter funerario o devocional.