En la Colegiata confluyen los estilos tardorrománico, gótico, renacentista y barroco herreriano.
En 1541 el papa Pablo III, a petición de don Juan Fernández Manrique de Lara, tercer Marqués de Aguilar y embajador del emperador Carlos I en Roma, concedió a la iglesia el rango de colegiata, dotándola de nuevos privilegios y exenciones. La erección de San Miguel al rango colegial supuso la supresión de las más antiguas colegiatas de San Martín de Escalada, hoy en la provincia de Burgos, y San Martín de Elines y Santa Cruz de Castañeda, ambas en Cantabria.

(1 de Agosto de 2018)