Desde su apertura al público madrileño la conservación del templo ha estado rodeada de polémica. El edificio fue usado de forma indiscriminada para pases de cine de verano, para representaciones teatrales, para anuncios publicitarios, para spots musicales. La contaminación y el climograma de Madrid, así como el vandalismo, han dejado huellas profundas en el edificio. La voz de alarma la han dado los Congresos de Egiptología Ibérica que se han ido celebrando (Madrid, Barcelona, La Laguna) y -recientemente- la UNESCO. Frente a ellos, la postura oficial de la entidad tutelar (el Ayuntamiento de Madrid, a través de Museos Municipales) ha sido, de forma sistemática, desmentir los motivos de alarma, y actuaciones de poca envergadura. Sin embargo, el templo se sigue degradando.