Los datos de su reinado son breves. Se sabe que fue coronado rey a la edad de ocho a diez años aproximadamente. De acuerdo con el egiptólogo James Allen, hacia el año 14 o 15 del reinado de Ajenatón, éste elevó al cargo de corregente a Nefernefruatón, de quién sabemos por los determinativos femeninos de los jeroglíficos inscritos en su cartucho, que era una mujer. Primeramente se pensó que era Nefertiti, pero el hallazgo en 1973 de un ushebti para Nefertiti del año 12 aproximadamente del reinado de Ajenatón, hace suponer que Nefertiti falleció antes del ascenso de Nefernefruatón coincidiendo con la ausencia de imágenes de Nefertiti en eventos posteriores al año 12 del reinado de Ajenatón; por lo tanto, la enigmática persona nombrada Nefernefruatón muy probablemente una de sus hijas sobrevivientes: Meritatón.