Generalmente se creía que su nombre proviene de lzán, propio de muchos señores que repoblaron en este país, como sucede en Villahizán de Treviño, y de este parecer es el P. Serrano, tan versado en materia de etimología histórica. No obstante su autoridad reconocida, un documento dcl Archivo Catedral, que se halla en los volúmenes 27 y 71, datado en la Era de 1165, año 1127, le cita con el nombre de Villabezán, que cl ordenador antiguo de dicho Archivo traduce por Villahizán. Se trata de una donación otorgada por García Rodríguez a favor de la Santa Iglesia Catedral, del lugar y sus pertenecidos, el que Le fué donado por la reina Doria Urraca, a lo que el citado historiador añade en su Obispado de Burgos, torno I, pág. 404, lo siguiente:
En 1127 rendía Alfonso VII la fortaleza de Burgos, y antes de rendirse, el noble García Rodríguez concedió al Obispo dc Burgos, Don Jimeno las villas de Quintanilla, Población y Villahizán para satisfacer la deuda de un caballo y mil sueldos que había quedado a deber a un caballero extranjero llamado Felipe. (Cart. de la Catedral, sin signatura).
Según se desprende de esto, su nombre primitivo fué Villabezán, que se transformó en Villahizán; y Bezán más que a nombre propio de persona, suena a Besana del latín Bersana: tierra arada.