El objeto más importante que se guarda en la capilla del Tesoro es la gran custodia de Enrique de Arfe (encargo del cardenal Cisneros para sustituir la que había de plata blanca y que desapareció cuando los tumultos de las Comunidades) que elaboró entre 1517 y 1524. Es de traza gótica arcaizante y de una gran belleza arquitectónica. En un principio se labró en plata pero en 1594 el arzobispo Quiroga mandó que se dorase.​
La custodia tardó siete años en elaborarse y su coste superó los quince millones de maravedíes, de los que Arce recibió, además de los 2700 reales estipulados, un aguinaldo de 2500 maravedíes que el cabildo catedralicio, impresionado por su trabajo, le entregó en la Navidad de 1523.

(11 de Marzo de 2019)