Las
vidrieras más antiguas y también las más apreciadas por su belleza son las del
rosetón del crucero (sobre la
puerta del
Reloj) y algunas de la girola, aunque estas tienen un
colorido más apagado. Después están las de la
capilla mayor y las del brazo norte del crucero por el lado este que presentan unas enormes figuras de
santos y apóstoles.
Muchas de las vidrieras del siglo siglo XV aparecen documentadas. Se sabe que en las de la capilla mayor y algunas del crucero trabajó el vidriero Jacobo Dolfin y su criado Luis y en las del crucero meridional y algunos
ventanales de la nave mayor por el lado de la epístola, los maestros Pedro Bonifacio, Cristóbal, y el monje alemán Pedro. Más tarde aparece la participación local del toledano maestro Enrique.
Las vidrieras pertenecientes al siglo siglo XVI están confeccionadas con dibujos renacentistas. En ellas trabajan maestros reconocidos como Vasco de Troya (en 1502), Juan de Cuesta (en 1506) y Alejo Ximénez (en 1509-1513) que
fabrica las de las naves laterales y las de la
fachada oeste. Las vidrieras del rosetón y puerta de los Leones son obra de Nicolás de Vergara el Mozo.