Mientras junto a la gruta de las apariciones se estaba construyendo un grande santuario para acoger a los numerosos peregrinos y enfermos en busca de alivio, Bernardita pareció desaparecer en la sombra. Pasó seis años en el instituto de Lourdes, de las Hermanas de la Caridad de Nevers, y en el que después fue admitida como novicia. Su entrada se demoró debido a su delicada salud. En la profesión tomó el nombre de Sor María Bernarda. Durante los quince años de vida conventual no conoció sino el privilegio del sufrimiento. Las mismas superioras la trataban con indiferencia, por un designio providencial que les impide a las almas elegidas la comprensión y a menudo hasta la benevolencia de las almas mediocres. Al principio fue enfermera dentro del convento, después sacristana, hasta cuando la enfermedad la obligó a permanecer en la cama, durante nueve años, siempre entre la vida y la muerte.
