El primer gran dolor fue la muerte de un hijo, poco después murió el otro, renovando así la herida de su corazón que todavía sangraba. En ese tiempo Roma sufría los ataques del cisma de Occidente por la presencia de los antipapas. A uno de los pontífices, Alejandro V, le hizo la guerra el rey de Nápoles, Ladislao, que invadió Roma dos veces. La guerra tocó de cerca también a Francisca pues hirieron al marido y, al único hijo que le quedaba, se lo llevaron como rehén. Todas estas desgracias no lograron doblegar su ánimo apoyado por la presencia misteriosa pero eficaz de su Ángel guardián.