El corazón herido, cogido por el amor desbordante de Dios no le dejará en paz hasta el último momento en que muere de rodillas. En el año 1539, de acuerdo con san Juan de Ávila, es huésped en Guadalupe donde se prepara en las artes médicas, y en 1540 inicia su primera obra, un pequeño hospital en la calle de Lucena, "tanta gente acudía por la fama de Juan y por su mucha caridad que los amigos le compraron una casa para hospital en la cuesta Gomérez”.