A un cierto punto Juan renunció a la corte y a su alto cargo, probablemente por las tendencias anticristianas del califa. En compañía del hermano Cosme, futuro obispo de Maiouma, se retiró al monasterio de San Sabas cerca de Jerusalén, en donde, ordenado sacerdote, profundizó su formación teológica, preparándose para el cargo de predicador titular de la basílica del Santo Sepulcro.