Después de cuatro años de actividad misionera en estas islas, separado del mundo civilizado, se embarcó en una rústica barca hacia el Japón, en donde, entre dificultades inmensas, formó el primer centro de cristianos. Su celo no conocía descansos: desde Japón ya miraba hacia China. Se embarcó nuevamente, llegó a Singapur y estuvo a 150 kilómetros de Cantón, el gran puerto chino. En la isla de Shangchuan, en espera de una embarcación que lo llevara a China, cayó gravemente enfermo. Murió a orillas del mar el 3 de diciembre de 1552, a los 46 años de edad.