Ordenados sacerdotes en Venecia y abandonada la perspectiva de la Tierra Santa, emprendieron camino hacia Roma, en donde Francisco colaboró con Ignacio en la redacción de las Constituciones de la Compañía de Jesús. Sin embargo, fue a los 35 años de edad cuando comenzó su gran aventura misionera. Por invitación del rey de Portugal, fue escogido como misionero y delegado pontificio para las colonias portuguesas en las Indias Orientales. Goa fue el centro de su intensísima actividad misionera, que se irradió por un área tan vasta que hoy sería excepcional aun con los actuales medios de comunicación social: en diez años recorrió India, Malasia, las Molucas y las islas en estado todavía salvaje. “Si no encuentro una barca, iré nadando” decía Francisco, y luego comentaba: “Si en esas islas hubiera minas de oro, los cristianos se precipitarían allá. Pero no hay sino almas para salvar”.