La salud de San Francisco se fue deteriorando, los estigmas le hacían sufrir y le debilitaron y ya casi había perdido la vista. En el verano de 1225 lo llevaron con varios doctores porque ya estaba muy enfermo. Poco antes de morir dictó un testamento en el que les recomendaba a los hermanos observar la regla y trabajar manualmente para evitar la ociosidad y dar buen ejemplo. Al enterarse que le quedaban pocas semanas de vida, dijo “ ¡Bienvenida, hermana muerte!”y pidió que lo llevaran a Porciúncula. Murió el 3 de octubre de 1226 después de escuchar la pasión de Cristo según San Juan. Tenía 44 años de edad. Lo sepultaron en la Iglesia de San Jorge en Asís.