En 1224 se retiró al Monte Alvernia y se construyó ahí una pequeña celda. La única persona que lo acompañó fue el hermano León y no quiso tener visitas. Es aquí donde sucedió el milagro de las estigmas en el cual quedaron impresas las señales de la pasión de Cristo en el cuerpo de Francisco. A partir de entonces llevaba las manos dentro de las mangas del hábito y llevaba medias y zapatos. Dijo que le habían sido reveladas cosas que jamás diría a hombre alguno. Un tiempo después bajo del Monte y curó a muchos enfermos.