Cipriano se esconde pero no deja de gobernar, enviando frecuentes cartas a los creyentes, exhortándoles a no apostatar. Cuando cesó la persecución y volvió a la ciudad se opuso a que permitieran regresar a la Iglesia a los que habían apostatado sin exigirles penitencia. Todo apóstata debía hacer un tiempo de penitencia antes de volver a los sacramentos. Esta práctica era para el bien del penitente que de esta forma profundizaba su arrepentimiento y fortalecía su propósito de mantenerse fiel en futuras pruebas. Esto ayudó mucho a fortalecer la fe y prepararse ya que pronto comenzaron de nuevo las persecuciones.