Pero por sobre todas las cosas, la principal preocupación del Papa era la pureza de la fe. En varias ocasiones, como en la Encíclica con respecto al centenario de San Gregorio Magno, Pío X resaltaba los peligros de ciertos métodos teológicos nuevos, los cuales, basándose en el Agnosticismo y el Immanentismo, por fuerza suprimían la doctrina de la fe de sus enseñanzas de una verdad objetiva, absoluta e inmutable, y más aun cuando estos métodos se asociaban con una crítica subversiva de las Sagradas Escrituras y de los orígenes del Cristianismo. Por esta razón, en 1907, publicó el Decreto “Lamentabili” (llamado también el Syllabus de Pío X), en el que sesenta y cinco proposiciones modernistas fueron condenadas. La mayor parte de estas se referían a las Sagradas Escrituras, su inspiración y la doctrina de Jesús y los Apóstoles, mientras otras se relacionaban con el dogma, los sacramentos, la primacía del Obispo de Roma. Inmediatamente después de eso, el 8 de Septiembre de 1907, apareció la famosa Encíclica “Pascendi”, que exponía y condenaba el sistema del Modernismo. Este documento hace énfasis sobre el peligro del Modernismo en relación con la filosofía, apologética, exégesis, historia, liturgia y disciplina, y muestra la contradicción entre esa innovación y la fe tradicional; y, finalmente, establece reglas por las cuales combatir eficazmente las perniciosas doctrinas en cuestión. Entre las medidas sugeridas cabe señalar el establecimiento de un cuerpo oficial de “censores” de libros y la creación de un “Comité de Vigilancia”. Posteriormente, mediante el Motu Proprio “Sacrorum Antistitum”, Pío X llamó la atención en los interdictos de la Encíclica y las disposiciones que habían sido establecidas previamente bajo el pontificado de León XIII sobre la predicación, y sancionó que todos aquellos que ejercieran el sagrado ministerio o quienes enseñaran en institutos eclesiásticos, así como canónigos, superiores del clero regular, y aquellos que servían en oficinas eclesiásticas, deberían tomar un juramento en el que se comprometían a rechazar los errores que eran denunciados en la Encíclica o en el Decreto “Lamentabili”. Pío X retomó este asunto vital en otras ocasiones, especialmente en las Encíclicas que fueron escritas en conmemoración de San Anselmo (Abril 21, 1909) y de San Carlos Borromeo (Junio 23, 1910), en la segunda de las cuales el Modernismo Reformista fue especialmente condenado. Como el estudio de la Biblia es, a la vez, el área más importante y más peligrosa de la teología, Pío X deseaba fundar en Roma un centro especial para esos estudios, que les diera la garantía inmediata de una ortodoxia incuestionable y un valor científico; en consecuencia, y con el apoyo de todo el mundo católico, se estableció el Pontificio Instituto Bíblico de Roma, bajo la dirección de los jesuitas.