Dos años más tarde, se reunió con sus compañeros que se encontraban en Venecia y se trasladaron a Roma para ofrecer sus servicios al Papa. Decidieron llamar a su asociación la Compañía de Jesús, porque estaban decididos a luchar contra el vicio y el error bajo el estandarte de Cristo. Paulo III convirtió a dos de ellos profesores de la Universidad. A Ignacio, le pidió predicar los Ejercicios Espirituales y catequizar al pueblo. Los demás compañeros trabajaban con ellos.