La actual Capilla del Coenaculum fue construida por los franciscanos a su retorno a la ciudad en 1335. Las aristas de la cúpula del cielo raso son típicas del gótico lusitano o chipriota. El esculpido mihrab, el nicho de oraciones musulmán, fue agregado en 1523, cuando los franciscanos fueron expulsados del edificio y el recinto fue convertido en mezquita.