Esta nueva capilla catedralicia (dentro de la antigua mezquita) será promovida por el obispo D. Íñigo Manrique (1486-1496), quien promueve la construcción de una nave con formulación arquitectónica gótica y algunas modificaciones en los accesos, que también prosiguieron los prelados siguientes: Juan Rodríguez de Fonseca (1499-1505.) D. Juan Daza (1505-1510), D. Martín (1510-1516). Sin embargo, la mayor quiebra del edificio islámico se va a producir a lo largo del siglo XVI, pues en medio de la antigua mezquita se levantará una gran nave cristiana bajo los auspicios artísticos y arquitectónicos de los aires renacentistas; esto supuso una ruptura grave para los postulados espaciales islámicos. No en vano la propuesta fue polémica y estuvo sujeta a duros enfrentamientos entre diferentes próceres (a favor y en contra).