La Capilla Mayor fue situada bajo uno de los lucernarios de Alhakén II, en el ámbito rico de la Mezquita del siglo X, pero sin provocar destrucciones arquitectónicas; asimismo, la magnificencia del edificio determinó que el ámbito de mayor esplendor, la Macsura y el Mihrab, no fueran tocados ni destruidos, quedando indeleble su construcción. Sin embargo, con el paso de los siglos la Catedral precisaba mayores acomodos y una mayor dignificación en la Capilla Mayor, realizándose a finales del siglo XV (1489) una capilla cristiana donde estaba la antigua capilla del siglo XIII.