La Torre se construyó tras el incendio que asoló la ciudad hacia 1440, como solución provisional a la catedral destruida. Después de pasar por manos de varias familias jacetanas, pasó a ser la torre del Merino, representante del rey y encargado de recaudar los impuestos y administrar sus rentas en la ciudad, el cual la utilizó como residencia.
En 1599, el Concejo la adquirió por quinientos ducados para convertirla en cárcel e instalar en ella el reloj municipal, dejando así de depender del horario que dictaba el reloj de la catedral.
Para adecuar la torre y sostener las nuevas campanas, en 1601 se elevó su altura con un chapitel.
Tras varios siglos funcionando como cárcel, fue necesario acometer una reforma entre 1853 y 1863, financiada por todos los pueblos del partido judicial.
Las últimas intervenciones supusieron la construcción de un nuevo chapitel de hierro entre 1900 y 1903, la instalación de un nuevo reloj en 1932, la clausura de la cárcel en 1955 y la sustitución del nuevo chapitel por la actual techumbre a cuatro vertientes en 1968.
En los años ochenta del siglo XX, sufrió una completa rehabilitación y se convirtió en la primera sede de la Comunidad de Trabajo de los Pirineos.