Durante su mandato, se produjo una rebelión dirigida por el capitán Jerónimo de Holguín, que concluyó con el cautiverio de Aguirre. Liberado posteriormente, la autoridad eclesiástica de Charcas lo citaba ante su propio tribunal para someterlo a juicio por haber proferido algunas proposiciones heréticas.
Las constantes quejas de su administración motivaron al Virrey a separarlo del mando, nombrando en su lugar Gobernador de Tucumán a Jerónimo Luis de Cabrera. En 1576, volvía de nuevo a Chile y ... (ver texto completo)
Las constantes quejas de su administración motivaron al Virrey a separarlo del mando, nombrando en su lugar Gobernador de Tucumán a Jerónimo Luis de Cabrera. En 1576, volvía de nuevo a Chile y ... (ver texto completo)