Durante su mandato, se produjo una rebelión dirigida por el capitán Jerónimo de Holguín, que concluyó con el cautiverio de Aguirre. Liberado posteriormente, la autoridad eclesiástica de Charcas lo citaba ante su propio tribunal para someterlo a juicio por haber proferido algunas proposiciones heréticas.
Las constantes quejas de su administración motivaron al Virrey a separarlo del mando, nombrando en su lugar Gobernador de Tucumán a Jerónimo Luis de Cabrera. En 1576, volvía de nuevo a Chile y se establecía modestamente en la ciudad de La Serena, donde tenía su encomienda, lugar donde murió en 1581.
Posee numerosos descendientes en Chile ya que tuvo cinco hijos españoles y cerca de cincuenta mestizos, uno de sus descendientes fue el patriota Manuel Rodríguez que se distinguio en la Guerra de Independencia de Chile.
Las constantes quejas de su administración motivaron al Virrey a separarlo del mando, nombrando en su lugar Gobernador de Tucumán a Jerónimo Luis de Cabrera. En 1576, volvía de nuevo a Chile y se establecía modestamente en la ciudad de La Serena, donde tenía su encomienda, lugar donde murió en 1581.
Posee numerosos descendientes en Chile ya que tuvo cinco hijos españoles y cerca de cincuenta mestizos, uno de sus descendientes fue el patriota Manuel Rodríguez que se distinguio en la Guerra de Independencia de Chile.